Die Fontana Klinik an den Thermen ist in das Gesundheitsresort Freiburg integiert und liegt westlich der Stadtmitte im Naturschutzgebiet Mooswald. Es besteht eine enge räumliche und organisatorische Kooperation mit der Mooswaldklinik sowie dem Dorint Hotel an den Thermen. Daneben besteht eine Partnerschaft mit dem Eugen-Keidel Thermalbad, sowie der Klinik für Sporttraumatologie Freiburg.